En AUTOMAR participan investigadores de las siguientes instituciones:
- Universidad de A Coruña
- Universidad de Cádiz
- Universidad de Cantabria
- Universidad Complutense de Madrid
- Universitat de Girona
- Universitat de les Illes Balears
- Dirección General de Armamento y Material. Ministerio de Defensa.Universidad del País Vasco
- Universitat Jaume I
- Universidad Miguel Hernández
- Universidad Nacional de Educación a Distancia
- Universidad del País Vasco
- Universitat Politécnica de Catalunya
- Universidad Politécnica de Cartagena
- Universidad Politécnica de Madrid
- Centro de Automática y Robótica – CSIC.
- Canal de Experiencias Hidrodinámicas del Pardo
- Fundación Innovamar
- Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados – CSIC
- Sistema de Observación y Prospectiva Tecnológica. Subdirección General de Tecnología y Centros.
- CTN